La biodiversité en eau douce s’effondre partout dans le monde. Comme l’a écrit le WWF dans son « Rapport Planète Vivante 2020 », les populations d’eau douce ont diminué de 84 % au cours des 50 dernières années. Ni les terres émergées, ni les océans n’ont connu une telle perte de biodiversité au cours des décennies écoulées. Malgré ce déclin sans précédent, l’attention portée aux espèces d’eau douce et à leurs habitats est très limitée. Fin 2021, une équipe internationale d’auteurs a publié un « Agenda mondial pour la promotion de la recherche sur la biodiversité en eau douce » dans lequel elle notait : « Les plateformes internationales et intergouvernementales de politique scientifique, les agences de financement et les grandes initiatives philanthropiques échouent toujours à accorder à la biodiversité en eau douce la place qu’elle mérite (...). Un récent rapport sur le financement environnemental par 127 fondations européennes montre par exemple qu’en 2018, seuls 1,75 % des 745 millions d’euros de contributions environnementales sont allés à l’eau douce. La biodiversité en eau douce était l’avant-dernière des 13 catégories thématiques utilisées pour évaluer la distribution des fonds. » 

En Suisse aussi, les eaux sont en mauvais état. Selon le rapport sur l’environnement du Conseil fédéral de début 2019, l’état de la biodiversité aquatique en Suisse est encore nettement plus préoccupant que celui de la biodiversité terrestre, notamment parce que les eaux nationales sont affectées par de multiples interventions telles que l’aménagement, la canalisation et l’exploitation de l’énergie hydraulique. Les poissons sont en détresse en Suisse et dans les pays alpins limitrophes. En Suisse, selon l’Office fédéral de l’environnement, 62 % des espèces de poissons sont éteintes, en danger critique d’extinction, en danger ou menacées. Actuellement, nous assistons par exemple à la disparition du roi du Doubs, à la frontière franco-suisse.